1. Cơ cấu tổ chức bộ máy:

- Lãnh đạo trung tâm: có Giám đốc và 01 Phó Giám đốc.

- Giám đốc Trung tâm Pháp y là người trực tiếp quản lý, điều hành trung tâm theo chế độ thủ trưởng, chịu trách nhiệm trước pháp luật và Giám đốc Sở Y tế về mọi hoạt động của Trung tâm.

- Giám đốc do Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển trên cơ sở đề nghị của Giám đốc Sở Y tế và sự thống nhất của Sở Tư pháp.

- Phó Giám đốc là người được Giám đốc phân công một số công việc và chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luậtvề những nhiệm vụ được phân công.

- Phó Giám đốc do Giám đốc Sở Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển.

2. Các phòng chức năng, các khoa chuyên môn trực thuộc.

a. Phòng Kế hoạch tổng hợp;

b. Khoa Giám định tổng hợp;

c. Khoa Xét nghiệm.

3. Việc thành lập, chia tách, sáp nhập, giải thể khoa, phòng, Trung tâm do Giám đốc Trung tâm quyết định sau khi có ý kiến phê duyệt của Giám đốc Sở Y tế thành phố Hải Phòng.

4. Biên chế và lao động của trung tâm nằm trong tổng chỉ tiêu biên chế sự nghiệp và lao động của Sở Y tế do Uỷ ban nhân dân thành phố giao hàng năm.